サイトごとの設定を反映した設定ファイル(例えば .emacs など)を あらかじめ新規ユーザが持てれば、そのユーザに使い方を説明するのが楽です。 というわけで、新規ユーザが最初に持つファイルの設定です。

/usr/share/skel/

難しいことはまったくありません。 /usr/share/skel に置いたファイルやディレクトリ(およびその中身)が そっくりコピーされますので、このディレクトリに置いておきます。

ただし、.(ドット)で始まる隠しファイルの場合、 例えば .emacs の場合は、dot.emacs という名前にして置いておきます。