snap

Ubuntu をアップグレードしてバージョンを上げると、 今まで使えていたアプリケーションが使えなくなることがあります。 アプリケーションが依存しているもののバージョンがよろしくないなどの理由のようです。 Snaps はこの問題に対応するため、依存性をパッケージにしたもののようです。

Ubuntu 16.04 LTS かそれより以降のバージョンの場合は すでに snapd がインストールされていますのですぐに使えます。 そうでない場合は apt でインストールすると良いようです (が OS サポートが切れているのでアップグレードをオススメします)。

sudo apt update
sudo apt install snapd

Snaps でインストールしたアプリケーションの実行ファイルは /snap/bin に入ります。 もしシェルの path が通っていなければ通しておいてください。

(パスの確認)
echo $PATH
~/.cshrc (csh系の場合)

set path = ($path /snap/bin)

pdftk

pdftk は PDF ファイルのページ切り出し、ページ結合などができます。 18.04 LTS 以降では pdftk はサポートされていないみたいですので、 snap でインストールしてみます。
sudo snap install pdftk

JabRef

JabRef は文献管理アプリケーションです。 snap を通して入れるとバージョンが 5.3 系になっていて、 16.04 LTS で使っていたバージョンとは見た目が変わっています。
sudo snap install jabref