X に関係するいろいろです。

リソース(全ユーザ共通)

アプリケーションごとに、X での見た目(色やフォントなど)をどうするか というデフォルト設定は /usr/X11R6/lib/X11/app-defaults/ に置いてあります。
(例) xclock のリソースは、/usr/X11R6/lib/X11/app-defaults/XClock であり、 その中身は

XClock.input: false

となっています。

全ユーザ共通でデフォルトを変えるには、 /usr/X11R6/lib/X11/app-defaults/ 内のファイルを変更したり、追加したりします。
(例) xdvi はデフォルトではこのディレクトリに リソースファイルを持っていませんが、デフォルトの解像度を 600dpi にするには /usr/local/share/texmf/xdvi/XDvi を /usr/X11R6/lib/X11/app-defaults/ に コピーすればＯＫです。

リソース(各ユーザごと)

ユーザごとにカスタマイズするには、~/.Xdefaults もしくは ~/.Xresources ファイルに書き込みます。これら２つのファイルの違いはよくわかりません(涙)。

変更を反映するには、ログインしなおすか、次のようにします。

% xrdb -merge ~/.Xdefaults

古い設定をすべて白紙にして、新たに ~/.Xdefaults の内容を設定するには オプション無しで xrdb を使います。

% xrdb ~/.Xdefaults

カラーチャート

色指定は RGB ３色ぞれぞれで１６進法２桁(16x16=256)の指定をします。 つまり、全色数は 256x256x256 色になります。
白＝#ffffff
赤＝#ff0000
緑＝#00ff00
青＝#0000ff
黒＝#000000

好みの色を探すのに便利なツールとして、colordemo があります。

% colordemo

で起動すると、下図のようなパネルが出てきます。

左側の R,G,B のバーを操作することで左下の色とその番号 (上の図の場合、#e46d92)がわかります。